Top Promoters Bound by treR

On this page you can access the list of promoter regions bound by treR. Promoter regions are named by the RegulonDB list of Transcription Units (TUs) that start with the same gene and defined as the 500bp upstream and 200bp downstream of the TU start position. TF promoter scores are scaled so that 1 is the top scoring promoter for a TF and 0 is a the average score across all promoters for the TF. Promoters are then ranked with 1 being the strongest scoring promoter. Only promoters with a TF hit scoring above 0.2 are shown.

Type in the header boxes to filter rows. Click headers to sort columns.

Promoter (TUs) Scores Ranks
cyaA 1.000 1
ykfI-yafW-ykfG-ykfH 0.875 2
treC-treB,treB 0.573 3
ygiV 0.462 4
ybdN 0.412 5
bsmA 0.399 6
yjfP 0.399 6
yidC-mnmE,yidC 0.380 8
yhbY 0.375 9
ftsH-rlmE,rlmE 0.375 10
ydjN 0.370 11
sfsB 0.366 12
yneK 0.356 13
msyB 0.346 14
yibS 0.342 15
rlmE-greA,greA 0.333 16
dacB 0.333 17
gadC 0.328 18
yaiY 0.326 19
yaiZ 0.326 19
maa 0.319 21
mreD-mreC 0.301 22
ybiE 0.295 23
ppk,ppk-ppx 0.293 24
dksA,pcnB-gluQ-dksA,gluQ-dksA 0.287 25
ykgM-ykgO 0.282 26
ycgX 0.279 27
insH-8 0.272 28
yejO 0.272 29
narP 0.272 29
gntK-gntR-gntU,gntK-gntR,gntR 0.259 31
insL-3 0.258 32
allA 0.258 33
allS 0.258 34
ibaG-mlaB-mlaC-mlaD-mlaE 0.256 35
recB 0.254 36
bglA 0.252 37
yqfA 0.252 38
allR,allR-gcl-hyi 0.246 39
yieK-yieL-bglH 0.246 40
yedK 0.244 41
tyrR,tyrR-ycjG 0.241 42
gltT 0.231 43
gltW 0.231 44
ileU 0.231 44
ileV-alaV,ileV 0.231 47
gltU 0.231 47
ileT-alaT 0.231 47
aceE-aceF 0.229 49
rhsE-ydcD 0.222 50
ybjK 0.221 51
ybjI-ybjJ 0.221 52
nudL-sdaA 0.221 53
mngA-mngB 0.219 54
mngR 0.218 55
ysgD 0.218 56
yfeY-yfeZ-ypeA,yfeZ-ypeA,yfeX-yfeY-yfeZ-ypeA 0.216 57
yicH 0.211 58
hfq-hflX-hflK,hfq,hfq-hflX-hflK-hflC,hfq-hflX 0.209 59
pspG 0.209 60
rraA 0.209 61
kdgT 0.205 62
ompL 0.203 63
sugE 0.203 64
parE-yqiA-cpdA 0.201 65
slyD 0.201 66
asnS 0.201 67
ygeY 0.198 68
yihO-yihP 0.197 69
murJ 0.193 70
mokC-hokC 0.192 71
sokC 0.192 72
ynaN 0.191 73
ydaN-fnrS,ydaN 0.191 74
ydaM 0.191 75
yfiF 0.190 76
trxC 0.190 76
gmr,gmr-yciZ 0.189 78
yedP 0.189 79
dsrA 0.189 80
gspC-gspD-gspE-gspF-gspG-gspH-gspI-gspJ-gspK-gspL-gspM-gspO 0.187 81
ydeM 0.186 82
sapF-sapD-sapC-sapB-sapA,sapC-sapB-sapA,sapA 0.185 83
accA 0.183 84
rsmG-mnmG-mioC,mioC 0.183 85
mnmG-mioC-asnC,mioC-asnC,asnC 0.183 86
asnA 0.183 87
yaeQ-arfB-nlpE 0.182 88
rof-yaeP 0.182 89
nirC 0.181 90
codA 0.181 91
ydcI 0.181 92
recC 0.180 93
avtA 0.178 94
hscC 0.177 95
flhE-flhA-flhB 0.176 96
yhjD 0.174 97
nhaR 0.174 98
fdoH 0.172 99
yfbP 0.170 100
metG 0.170 101
yehE-mrp,mrp 0.170 102
pck 0.170 103
ygjV 0.167 104
lacY-lacZ,lacA-lacY-lacZ 0.163 105
ycaL 0.163 106
gmk-rpoZ-spoT-trmH,gmk 0.159 107
hisP-hisM-hisQ-hisJ-argT,hisM-hisQ-hisJ-argT,hisJ-argT,argT 0.158 108
hemN 0.158 109
hspQ-rlmI,rlmI 0.156 110
yccX 0.156 111
ycaR-kdsB,ycaR-kdsB-ycbJ 0.156 112
sodB 0.155 113
yhiN 0.154 114
yqjG 0.153 115
yagP 0.152 116
pgk,fbaA-pgk,mscS-fbaA-pgk 0.152 117
ycfJ 0.148 118
yeaC-msrB,msrB 0.148 119
gapA,gapA-yeaD 0.148 120
nc8 0.147 121
cysM 0.146 122
hldE,hldE-sibD-sibE,hldE-sibE 0.145 123
ampG-yajG,yajG 0.145 124
bolA 0.145 125
yjjW 0.145 126
iap 0.145 127
cysC-cysN-cysD,ftsB-ygbE-cysC-cysN-cysD 0.145 128
yagN 0.145 129
yacH 0.143 130
acnB,acnB-yacL 0.143 131
yagL-yagM 0.139 132
ykgV 0.139 133
yagE-yagF 0.139 134
yagB-yagA 0.139 135
ycfZ-ymfA 0.137 136
artM-artQ-artI-artP 0.137 137
wzxC-wcaJ-cpsG-cpsB-wcaI-wcaH-wcaG-gmd-wcaF-wcaE-wcaD-wcaC 0.136 138
ybiJ 0.136 139
yegX 0.135 140
ybiT 0.134 141
brnQ-proY 0.133 142
tdk 0.132 143
hns 0.132 144
mngB 0.130 145
pitA 0.130 146
modF 0.128 147
kdpE 0.127 148
acnA-ymiC 0.127 149
acnA 0.127 150
glnS 0.125 151
cfa 0.125 152
abgR 0.124 153
thyA 0.123 154
yiiM 0.123 155
smrB 0.123 156
yfcL-epmC-yfcA-mepA-aroC-prmB,epmC-yfcA-mepA-aroC-prmB 0.123 157
rnk-rna,rna 0.122 158
ygiQ 0.121 159
leuU 0.120 160
yhbX 0.120 161
rcnB 0.120 162
rdlA 0.120 163
cutA-dcuA-aspA,dcuA-aspA,aspA 0.120 164
fxsA 0.120 164
yhaI 0.119 166
ldtB 0.119 167
ansA-pncA 0.119 168
paaK-paaX-paaY,paaK-paaX 0.118 169
fumB 0.117 170
insL-1 0.116 171
fdhD 0.116 172
fdhE-fdoI-fdoH-fdoG,fdoH-fdoG 0.116 173
yiaA 0.116 174
insL-2 0.116 175
hokE 0.116 176
insC-6-insD-6-insCD6 0.116 177
dhaM 0.116 178
pepT 0.116 179
ybjQ-amiD 0.115 180
sraA 0.115 181
insH21 0.114 182
uvrD 0.114 183
uspG 0.114 184
ybdR 0.114 184
yjiS 0.114 186
sbmC,yeeX-yeeA-sbmC,yeeA-sbmC 0.113 187
lplA-ytjB 0.113 188
yjhV 0.113 189
gatD-gatC-gatB-gatA-gatZ,gatC-gatB-gatA-gatZ,gatB-gatA-gatZ 0.113 190
potD-potC-potB-potA,potC-potB-potA 0.112 191
yeeY 0.112 192
mukF-mukE 0.112 193
putP 0.111 194
putA 0.111 195
ymdG 0.111 196
ydfI 0.110 197
trpS 0.109 198
psuT 0.109 199
yqcA-truC-yqcC 0.109 200
yibX 0.109 201
yibY 0.109 202
ubiF 0.109 203
leuX 0.106 204
ahr 0.106 205
mreD-mreC-mreB,yhdE-mreD-mreC-mreB,mreB 0.106 206
luxS 0.105 207
micA 0.105 208
yfeX 0.105 209
cutC 0.104 210
ybdD 0.104 211
ychO 0.104 212
ychN 0.104 213
yoeA 0.104 214
aspV 0.104 215
yafT 0.104 216
guaA 0.103 217
cysE-gpsA-secB-grxC,grxC 0.103 218
gpsA-secB,cysE-gpsA-secB 0.103 219
yffM-yffN 0.102 220
pinH 0.102 221
yhaK-yhaL 0.101 222
dauA-prsA,prsA 0.100 223
yjtD 0.100 223
arcA 0.100 225
yjjY 0.100 226